A Berettyó mocsarai által körülvett szigeten épült falut 1277-ben említi először a pápai tizedjegyzék. Nevét bizonnyal a Szűz Mária tiszteletére szentelt Árpád-kori templomáról kapta. Kismarját a 15. századtól a Bocskai család birtokolta, Bocskai István fejedelem számára pedig különösen kedves volt a település.

Bocskai család számontartott egy legendát, mely szerint családfájuk egészen a 13. században élt Mich bánig vezethető vissza. 1805-ben, a templom átépítésekor elő is került Mich bán felesége feliratú sírkő, de a Bocskai család származása idáig nem követhető. A községházán őrzött kőnek sajnos 1944-ben nyoma veszett, és ezekben a vészterhes időkben szállították ismeretlen helyre Bocskai fejedelem adománylevelének eredeti példányát is, melyet a közösség addig soha nem adott ki a kezéből. Nagy szerencse, hogy az iratnak több hiteles másolata is fennmaradt. Az ugyancsak a fejedelem által adományozott, 1606-os datálású pecsétnyomó úgyszintén rejtélyes utat járt be, míg egy ismeretlen személy megvásárlásra ajánlotta a Déri Múzeumnak.

A középkori kisméretű, egyenes szentélyzáródású épület alapfalai előkerültek a 2004-ben folytatott feltárás során, a 16. században hozzáépített toldással együtt, amikor a csarnok hosszúsága elérte a 32 métert. Ezt a „kis szentegyházacskát” említi Bocskai István 1595-ös végrendeletében, melyben az általa létesített családi kriptáról beszél. A sírbolt az akkori templom szentélyében helyezkedett el, jól illeszkedve annak keleteléséhez. A középen megtalált tartóoszlopokkal az 1770-es földrengésben megrongálódott épületet próbálták megerősíteni, ám végül le kellett azt bontani. 1804-1805 között épült a ma is álló barokk templom, pár méterrel kibővítve az előző csarnokot, mindössze az új szentélyt építve hozzá, és némiképp megváltoztatva a templom tengelyének irányát.

2004-re a történelmi dokumentumokon túl már csak a helyi hagyományok tartották számon a templom belsejének titkát. A régészeti feltárás nyomán azonban előkerült az Úr asztala alatti helyen a Mátyás uralkodásának idején, mérnöki pontossággal tervezett késő gótikus, reneszánsz kripta. A kriptát feltehetően az új templom építésekor, 1804-ben dúltak fel, a boltozatot felülről áttörve.

A sírrablók figyelmét néhány kisebb tárgyon kívül elkerülte két gyűrű, melyek másolata megtekinthető a kiállítási vitrinben. Hiteles, 1602-ből származó ábrázolás alapján készült el és látható a templomban a Bocskai-kori, középnemesi női viselet rekonstrukciója. A hölgy ruházatán jól látható a német-spanyol divat hatása, főként a dúsan redőzött, többrétegű nyakfodor révén. Dúsan ráncolt, alján skófiummal díszített selyemdamaszt szoknyája azonban magyar módra harang alakú, elöl csipkés köténnyel takarva. Főkötője is magyar divatú, arany hímzéssel és gyöngyökkel díszített.

A templom különleges látnivalója a tornyában két későbbi társával ma is imára hívó az 1616-ban Sárándi Miklós, Kismarja bírája által öntetett Bocskai harang. 400 éves múltja miatt kivételes, történelmi értékű látványosság, amelyet a mezőváros pecsétjének ábrázolása díszíti, a karszékben ülő, kezében buzogányt és kardot tartó fejedelem képével.

A gyülekezet büszkeségei a 18. századból fennmaradt klenódiumok, így a debreceni ötvösök által készített kelyhek, és egy kenyérosztó tál. Az ónból készült úrasztali boroskannák kassai műhelyekből származnak. A református gyülekezetek féltett kincsei az úrasztali patyolatkendők. A fehérre festett református templomokban ezek a hímzések jelenítették meg a színeket, a romlandó textilekben az eltelt évszázadok alatt óriási volt a pusztulás. Kismarján az 1808-ban végzett összeírás szerinti hat terítőből öt ma is látható, gránátalmák, küllős rozettás, virágbokros és csigaindás-gránátalmás díszítmények őrzik az egykori asszonyok, leányok keze nyomát.

A templom a II. világháború során az itt zajló harcokban hatalmas károkat szenvedett, 1956-ban pedig egy vihar ledöntötte a torony sisakját, melyet már nem helyeztek vissza. Ha felsétálunk a debreceni Kistemplomhoz hasonló, bástyaszerű kiképzésű toronyba, egy messzelátó segítségével nevezetes helyek felé tekinthetünk. Dél felé nézve a Nagykereki vár ostromára emlékezünk, kelet felé az Álmosd és Diószeg közötti győztes csata forgatagát idézhetjük meg. Észak és nyugat irányában a szerencsi országgyűlés emléke ködlik fel, ahol a magyarországi fölkent rendek Bocskait Magyarország fejedelmévé választották.

Kismarja lakosai soha el nem múló hálával tekintettek Bocskaira. Bizonyítja ezt az is, hogy a képi ábrázolást nehezen tűrő református templomban helyet kapott egy a fejedelmet ábrázoló festmény, mely az elveszett eredeti után a 20. század elején készített másolat. Megható történet, hogy az 1819-ben készült eredeti képet Kismarja városa valamennyi család otthonába megrendelte ajándékként. A templom előtt álló mellszobor Tóth András szobrász, Tóth Árpád költő édesapjának alkotása.